De acuerdo al rango de observación en el cual sea necesario analizar la morfología de la muestra, la microscopía pone a la disposición la utilización de diferentes técnicas; cuya instrumentación y aplicaciones varía de un caso a otro.
Las técnicas más empleadas son la microscopía óptica, la microscopía electrónica de transmisión (TEM) y la microscopía electrónica de barrido (SEM).